昨日から10km程度走行するとエンジン警告灯が点滅するようになりました。
初回発生時の状況としまして、一般道15km→高速10km→一般道15km（1kmあたりで点滅発生）
発生してからは3km程度の走行後に点滅が消えたりまた点いたりを繰り返していました。

一度エンジンを切ると警告が消え、10km程度走行すると同様に点滅し始めます。（2回同様の現象確認済み）
昨日カー用品店で確認をお願いしましたが、エラーコードは確認されなかったようです。目視確認、テスターによる異常等も無かったようです。

普段は片道10km未満の通勤使用、走行距離9万km、車検は4月に取得済みです。

点滅の原因として、何が考えられるのでしょうか？

おそらく点火系か充電系のトラブルではないかと思います。一時的な失火でミスファイヤーしてるか充電系統の低下が疑われます。工場での診断を推奨します。