アクア前期のプラグを交換しようとして1番目のイグニッションコイルのコネクタを外す時にコネクタの爪を折ってしまいました。

コネクタの補修をディーラーに行って見てもらいましたがコネクタの交換は出来ないとのことでした。
直すとなると配線の全てを交換しないといけないので大ごとになりますよと言われました。

なので応急処置をしてもらい帰ってきたのですが、後で調べてみるとコネクタの部品(90980-11885)あるし交換できないのは納得できないのですが、プロのご意見をお聞かせください。

交換は可能です。車輛側のハーネスのピンを押し込んで古いものから抜いて、新しいカプラーに差し込むと交換完了。ピン部分を破損させてしまうと修理が面倒なので慎重に。動画など出てますのでご確認ください。
（修理には特殊工具を使う場合があります）