初めまして、パオの5MT車です。
走行中のみトランスミッション辺りから異音(ゴー？ジャー？ギアなりのような音)がしていてクラッチを切ると音がしなくなります。
そのまま走っていると、異音が大きくなり1.3.5速が入らなくなっていき、最後は大きな音がして止まってしまいました。
ニュートラルの状態で再びエンジンをかけようとセルを回すと、ギアが入っているかのように車体が前に前に進もうとします。
この症状はクラッチ側でしょうか？トランスミッションでしょうか？
後々降ろして開けようとは思っていますが、何となくここかも、というのが先にわかっていれば重点的にその辺りを見えると思ったので教えて頂ければ幸いです。
よろしくお願いします。

初めまして、実際に車を診てないので仮定の話になりますが、走行中に異音→クラッチ切ると音が止まるという事は、恐らくはミッション内部、症状からすると、シフトフォークの破損あたりが怪しいと思います。
停止後、ニュートラルの状態でギヤが抜けていない、という事はクラッチは正常に動力の伝達はしていると思われます、1.3.5速に入らないという事からギアやシンクロ機構よりもシフトフォーク、又はロッドが何かしらの原因で破損していると考えられます。
2人掛りになりますが、一人がギアチェンジを操作している時にミッションの動く音と聞いてみるのも良いと思います。内部オーバーホールよりも費用や時間的に中古又はリビルトへミッションの交換をお勧めします、せっかくミッションを降ろすのであればクラッチも3点交換した方が良いかと思います