レガシィB4 BE5MTに乗っているのですが4000回転あたりでふけなくなってしまいます
1速だと吹けるのですがそれ以外はレブが当たるように吹けなくなります
少し前にECUの配線はいじったりしたので配線ミスなのか疑ったのですが1速は普通に吹けるので今は配線はあまり疑っていません特にベタ踏みすると吹けなくなります
アイドリングはタコメーターは安定しているのですが2秒に一回ぐらいエンジンが揺れますこれは点火系が問題なのでしょうか？

吹けなくなる原因はいくつか考えられます。
・スロットルボディ
・イグニッションコイル＆プラグ
・エアフロメーター
・エアインテークダクト
・ECU（エンジンコントロールコンピューター）
・ハーネス
といったところが怪しいと思います。
センサー系であればスキャンツールでエラーコードが出ると思います。
エアインテークダクトにヒビが入ってそこから空気が漏れているケースもあります。
まずはスキャンツールで診断される事をお勧めします。