ワゴンR2012年式MH34Sスティングレーターボ160000K走行車です。エンジン始動時、温まるまでの間、カタカタ音がします。
ちょうど運転席の足元から聞こえる感じです。
最初は小物入れの中のペンなどが振動で当たっている音や後付けの電装品のコードかなとか疑いましたが違うようです。
ギアをDに入れた時に鳴り、（振動が多い）発信すると音がしなくなり、エンジンが温まる頃には音がしなくなります。
運転席足元と言うかその外側、つまりエンジンルーム底側付近から異音が鳴っている気がしますが外からは聞こえません。
特に走行に負担がかかったり、大きな振動があるわけではありません。よろしくお願いします。

エンジン内部のクリアランス過大の可能性があります。金属は暖まると膨張するので、寒冷時にのみ異音が出ていると推測できます。
またはエンジン・マウントやミッション・マウントのヘタリや切れの可能性があります。