エンジンを始動し、停車状態でブレーキペダルを踏み込むと、ギシギシ音が発生します。
ブレーキ自体は違和感なく効いています。
音の発生部位はマスターバック当たりと思われますがどの様な原因が考えられ、修理は急いだ方がよろしいでしょうか。
なお、キャリパー側はオーバーホールして異常が無いことは確認しています。
よろしくお願いいたします。

心配は無いかと思います、ブレーキを踏んだ時にマスターシリンダが動いてる為に出る音だと思います。ブレーキを踏んだ時のフィーリングを固くするためにマスターシリンダストッパーというアフターパーツもある車種もあります。
マスターバックで踏力を倍増させ、マスターシリンダの油圧に繋げてますので動く時の音は直らないかもしれないです。