ドアロック連動ミラー格納の配線をつけて数日後運転席の窓とミラーが動かなくなって、ミラー格納の配線を外すと運転席の窓のみ動かない状態で整備士の方にモーターは動くのでスイッチだろうと言われスイッチを交換したのですが相変わらず動きません。原因は何でしょうか？

ドアロックと連動する格納ミラーの配線はメーカーの純正でしょうか？
純正であればディーラーに配線図があるのでディーラーでの点検をお勧めします

社外品を取り付けて動かない場合はまず元に戻してみるといいと思います。
元に戻しても直らない場合はどこかがトラブルを起こしています
モーターは動くという事とスイッチは交換したという事なのでフューズ切れを確認し、
大丈夫なようであればリレーを疑うのがセオリーかと思います