軽トラックの中古を購入するか、新品を購入するか悩んでいるのですが、
もし中古を購入して、故障した場合で一番高くかかってしまう部位と値段を教えていただきたいです。

後は、基本的に中古を購入して壊れやすいところや、値段のかかるところの全般をお願い致します

修理代につきましては、クルマにより部品代や工数（作業時間）なども異なり、また修理する工場によってレバレート（1時間当たりの工賃）も変わってきますので一概にはお答えすることは難しいことをご了承ください。

故障してしまった場合の高額な修理費用がかかってくる部分としては、エンジン本体の不具合になるかと思います。
エンジン内部部品の摩耗や前オーナー様がオイル交換などのメンテナンスを怠ったことによるエンジン本体の不具合の場合、エンジン本体の交換やオーバーホールといった修理が必要になる場合があります。
この場合、ディーラーなどで新品エンジンの対応があるものに関しては部品代だけでも30万円以上と高額なものになります。また、同様にオートマチック・ミッションも滑りなどの症状が発生し、ミッション内部で不具合が発生した場合もオートマチックミッションのお取替えが必要になることもあります。軽自動車であっても新品部品の設定がある場合には部品代もエンジン同様に20万～30万円以上と高額になります。
ただし、それらは新品部品を使用した場合ですので、エンジンやミッションのリビルトパーツ（再生部品）の設定があるもの、または中古部品が見つかりそれらを使用し修理をした場合には一概には言えませんが部品代を4割～7割程度に抑えることはできます。

「基本的に中古を購入して壊れやすいところや、値段のかかるところの全般」のご質問ですが、こちらもクルマの車種や年式、走行距離、クルマの状態により様々ですので一概にはお答えできませんが、比較的故障が多く発生する部分としてはエンジンを点火するためのイグニッションコイルの不具合やO2センサー等のエンジンセンサー類、あとは軽トラックということですので設定されていない場合が多いですがパワーウィンドーなどの電装パーツの不具合等々といったところでしょうか。

中古車は新車と違い状態の良し悪しに左右されるところが大きいと思います。状態が悪いものでしたらクルマは安かったのに故障が多く修理費もかさんでしまうこともあるかもしれません。新車にするか中古を車を購入するかいろいろと思慮されていることと思いますが、中古車のご購入をご検討される際は整備記録簿などでメンテナンス状況を確認していただいたりエンジンをかけて異音などしないかご確認してみてください。