今現在リアの助手席側のみが下がっています。ズレは右側が指二本に対して左側は指一本分ほど下がっています。
ショックは純正後期でバネがRSR Ti2000が付いています。
バネのヘタリかと思い左右のバネを入れ替えてみても変化はありません。
どなたか対策等思い当たることを教えていただけませんでしょうか？
よろしくお願いします。

難しいご質問ですね。
タイヤの空気圧が左右均等に適正な空気圧が入っていることが前提になりますが、スプリングはすでに左右入替ているようですのでショックも左右入替てみて変化がなければ、当初より左側の方が車高が下がっていたのではないかと思います。
ノーマルの車高ではフェンダーとタイヤの隙間が大きいため、気づかなかったことがローダウンすることでフェンダーとタイヤの隙間が縮まったためその差がはっきりわかったのではないかと思われます。

クルマは左右の重量配分が全く同じ重さというわけではないため、新車時でも車高の高さに左右差がでる場合があります。また、サスペンションのトレーディングアームのブッシュのヘタリや車体の歪み等で若干の左右差が出てくる場合もあります。
高さを揃えるのであれば車高調整式サスペンションで調整する方法もありますが、この方法ですとスプリングにかかる荷重（プリロード）が左右で違うものになってしまうためあまりおすすめすることはできません。
見た目を気にされているようでしたら申し訳ありませんが、走行上の違和感などがないようであればあまり気にされない方がいいかもしれません。

ご質問に対する十分なご回答はできませんでしたがご理解のほど宜しくお願いいたします。