ボンネットの真ん中にあるダクト？が嫌なのですが、穴をなくすことはできるのでしょつか？またどれくらいの費用がかかりますか？

ターボ付きのモデルになりますよね。
ボンネット中央部に開けられたダクトは「インタークーラー」の冷却用に、外気を取り入れるために開けられたものです。

「インタークーラー」は、ターボチャージャーなどにより圧縮された空気を冷却させるための役割をもっています。
ターボチャージャーは排気ガスの圧力を利用し、風車のような羽根（タービン）を回すことによって同軸上の風車（コンプレッサー）を回し、空気を圧縮して強制的にエンジンへ空気を送り込むことで高出力を得るための装置です。
空気はターボチャージャーなどの過給装置で圧縮・加圧されると温度が上昇します。温度が上昇したままの空気をそのままエンジンに送り込むと空気の密度が薄くなるためノッキングなどが起こりやすくなり、燃費の悪化やエンジンの出力低下につながります。
これらを解消するため「インタークーラー」は設置されており、加圧された空気を冷やすことで空気の密度（充填効率）を高め、燃料を効率良く燃焼させることができるのです。

このインタークーラーの設置場所は基本的にはフロントバンパーの後あたりに隠れていることが多いのですが、軽自動車などでは車内スペースを広く確保するためにエンジンルームは狭くなり、インタークーラーもエンジン上部に設置されることが多くなっています。
ボンネット上部に開けられたダクトは、インタークーラーに外気を取り込むためのものですので、このダクトをつぶしてしまうとインタークーラーを冷却させるための外気が取り込めなくなってしまいます。
冷却するための外気が取り込めなくなると前述した通りインタークーラーの冷却ができなくなってしまいます。ノッキングの発生やエンジン出力の低下などの原因になるためボンネットのダクトは機能上取り外すことはできません。
インタークーラーの設置場所を前面に移設することが出来ればボンネット上のダクト（外気導入口）は必要なくなりますが、軽自動車ではエンジンルームの広さも限られておりますので現実的には難しいでしょう。