ブレーキを踏むとキュッっと高い音がします。先日トヨタに修理出したらマスターシリンダーが悪いと言われて直したのですが全くなおってなく
他にどこが悪いとおもわれますか？

異音の修理は難しいですね。
ハイブリッド車の場合、音が静かなため通常ではしない音が出た場合など特に気になりますよね。

まず、ハイブリッドカーのブレーキシステムについて簡単にご説明します。
クラウンハイブリッドなど、ハイブリッドカーのモーターは、動力源としてクルマを走らせるだけでなく、電気を作り出す発電機としても大切な役割を持っています。
モーターは、電気を流すと回転しますが、逆に電気を流さず外部から力を加えて回転させると、発電し電気を生み出す特性を持っています。
この特性を利用しアクセルを離してモーターへ電気が流れなくなったときに、惰性で転がり続けるタイヤの力をモーターに加えてこれを回転させることで、発電し電気を生み出しています。
モーターが発電しているとき、発電の抵抗でブレーキをかけたような状態になり、クルマのスピードが落ちます。この「抵抗」をクルマを減速させるブレーキとして積極的に利用しているのが「回生ブレーキ」と呼ばれる仕組みです。
この「回生ブレーキ」と従来の「油圧ブレーキ」を組み合わせたものがハイブリッドカーのブレーキシステムになります。

室内側で「キュッ」音が発生しているならブレーキペダルの摺動部やペダルを戻すためのスプリングの取り付け部、あるいはブレーキライトを点灯させるためのストップランプスイッチなどの構成部品より異音が発生している可能性があります。
ただ、今回、トヨタのディーラーでマスターシリンダーの修理をおこなったということは、マスターシリンダーのあるエンジンルーム側で音が発生しているという判断からだと思われます。
H20年式、クラウンハイブリッドの場合、エンジンルーム側にあるブレーキシステムの構成部品は、マスターシリンダー以外の部品でみるとストロークシミュレーターというブレーキペダルの踏力に合わせ自然なペダルストロークを発生させる装置、ブレーキアクチュエーターというブレーキの油圧を発生・制御する装置で構成されています。
システム上は簡単な部品の構成になっていますが、ブレーキの制御にあたっては、ハイブリッド車のため、回生ブレーキを併用しながらも、運転者が要求する自然な制動力にする必要があるため、細かく複雑な制御をおこなっています。
ブレーキを踏んだ時の「キュッ」音がエンジンルーム側で発生している場合、マスターシリンダー以外から発生している音であれば、ストロークシミュレーターやブレーキアクチュエーターといったエンジンルーム側にある構成部品より音が発生している可能性があります。
ただ、上記部品でブレーキを踏んだときの「キュッ」音が発生するという事例や情報も特にないため、こちらでも今回の「キュッ」音がどこに原因があるのか判断がつきません。

修理したトヨタで再度、点検・確認していただき、必要であればトヨタのディーラーからメーカーの品質部門などに不具合個所を確認していただいた方が確実な解決策になると思います。
ただ、その音が機能上、発生してしまうものなのかどうか、何かの部品による不具合によるものなのかどうかも確認した方がいいでしょう。
こちらでも症状に対する故障原因の推測は困難だったため十分なご回答が出来きませんでした。ご理解のほど宜しくお願い致します。