朝エンジンをかけると、断続的な異音がします。1秒おきに鳴る感じです。暖機運転が終わると音が小さくなり、2〜3分で音が消えます。
どこが悪いのでしょうか。

正常ではあるのですが、オイルがエンジン内を循環して油膜が張るまでの金属音だと思います。
使用してるオイルのグレードを変えるとか添加剤を加えるなどの対応で始動時からの異音は変化すと思います。