センターマフラーのタイコの前方側が腐食して小さな穴が開き、水が落ちてきている状況です。
なかなか長距離を走ることが無いため、どうしても水か溜まりがちなため困っております。
タイコの下部に5mm程度の水抜き穴を開けて、溜まらない様に対処したいのですが、この状態で車検は通るものなのでしょうか？
また、タッピング後にネジで蓋をしてあれば良いのでしょうか？

マフラー本体に穴が空くと車検には通りません、ネジで蓋をした場合も同様です。排気ガスの漏れがあれば車検には通りません、タイコ部分に付いているカバー（遮熱版）であれば大丈夫ですが、検査員のいる指定整備工場で相談されると良いと思います。