先日から走行中にDレンジが点滅しており、ディーラーに診断してもらったところ、診断機で異常が拾えず、過去歴からも情報が読み取れなかったと言われました。様子を見てくださいとのことですが、今日も点滅しております。

気になるようならミッションを交換するのも方法だと言われましたが、原因もわからず36万の出費は不本意です。

こう言う場合、気にせず乗り続けていればいいのかどうかも分かりかねております。
何か手があれば教えて頂きたいです。

　Dレンジの点滅はミッションの不具合を知らせる警告です。何らかの不具合を検知しているようです。しかしながら診断機にてエラーが出ないということは、一過性の不具合ということです。その不具合が解消してエラー状態でないので記録に残っていない状態です。このようなエラーは緊急性が低い傾向にあります。
　逆に緊急性の高いエラーは警告灯が点灯し続けるかエラーを記録していて診断機にて確認ができるようになっています。

　ディーラー様も緊急性が低いと判断したのだと思います。しかし点検を依頼したのであれば診断機を着けて走行テストをして不具合を確認する。または症状が出るまで診断していただくのが一般的です。
　診断料や場合によっては走行テスト費用がかかると思いますが、そうした対応をしていただける工場にて点検を依頼されてみてはいかがでしょうか。