はじめまして、小野と申します。アコードワゴンのGH-CH9に乗っております。先日、いつもと変わらない状況で乗車しておりましたが、アイドリング中に突然エンジンが不自然に止まりました。再度エンジンをかけようとしましたが、かかりませんでした。その後レッカーで移動しました。ホンダカーズ埼玉に、ディストリビューターを交換してもらいましたが、僕はメインリレーに問題があるではないかと思っております。ところが、メインリレーの品番　39400-S0A-003を販売しているところがございません。ホンダのお客様センターにも問い合わせましたが、もうないとのことでした。また、代替部品も後継品もないとのことでした。そこで、今ついているメインリレーのハンダ等の点検・修理・補修をしてもらおうと考えました。どちらかで今ついているメインリレーの点検・修理・補修をしているところはございませんでしょうか。また、他にいい対応策があれば教えて下さい。住まいは埼玉県の所沢市です。よろしくお願いします。

オークションで中古が出ている可能性はあるかと思います。アマゾンやモノタロウで見つかるかもしれません、あとは、社外の汎用のリレーで適合が合えば大丈夫だと思います。
電装に強い所であれば修理可能かもしれませんが、基本的にリレーは修理できないと思ってください。自動車電装で調べて電話して問い合わせてみるのもいいかもしれません。
行きつけの工場があればそこで中古品や社外の汎用を探してくれると思いますので相談されるといいと思います。
このくらいの回答しかできず、お力になれなくてもう訳ありません。