大雨で洪水となった道路を走行していたらブレーキ警告灯が点灯しました。
それ以降走行中に警告灯が点灯することがあります(ブレーキを踏んで止まると警告灯は消えます)
サイドブレーキはかかって無いのですが、どのような原因が考えられるのでしょうか？

ブレーキ警告灯はブレーキフルードが減っていても点灯しますので坂道等傾斜があるところでブレーキフルードが少ないと点灯します。
ブレーキフルードはディスクパットが減っているか、漏れが無ければ減らないので整備工場で診て貰った方が良いと思います。