水温計がちょうど真ん中になって、暖気が終わってから信号待ち等でしばらく(40秒から1分ほど)停止していると、ノッキングが一度発生してからアイドリングが50回転ほど落ちます。

ギアをDレンジに入れている時だけ症状が現れ、Pだといたって大人しい回転数をキープしています。

スロットルボディやISCVは掃除済みです。

DレンジだとPレンジよりも若干アイドリングは下がります。
ISCバルブとスロットルボディは清掃では直らないケースも多いのでなんとも言えませんが、スキャンツールで診断される事をお勧めします。
エアコンのコンプレッサーが入った時や、水温センサーも怪しい所ですが、Pレンジだと正常という事なので、トルクコンバーターも考えられます。
センサー系であれば何かしらのエラーコードが出ると思うので1つづつ原因をつぶしていくしかありません。