エンジンオイル交換前にエンジン洗浄剤を注入したのですが、整備士さんにオイルが綺麗だからオイル交換は必要ないと言われました。
この商品は注入後オイルを抜いてくださいという注意書きがあったのですが、エンジンオイルが元から綺麗だった場合、オイルは抜かなくても大丈夫なのでしょうか？

どのような洗浄剤か分かりませんが、恐らくフラッシング剤の様なモノかと思います。
エンジンオイル交換前に入れて少しエンジンを回してからオイルフィルタと同時交換みたいな感じかと思います、これだとエンジンオイルの粘度が低下してしまう恐れがあるのでフィルターと同時にエンジンオイルの交換はした方が良いと思います。元からオイルが綺麗であれば洗浄剤や添加剤は入れない方がいいです。