ミッションのオイルを変えてから音が鳴りはじめてしまいました。

ミッション本体を変えても異音がします。

アクセルを踏んだ時の圧がかかる時に
『シャー』か『ウォーン』って言います。

何が原因かわかりません

ミッションを替えたという事なので、ミッションを原因から外して考えます。
加速時の音という事なので4WDであればプロペラシャフト、ビスカスカップリング
2WDであれば、ドライブシャフトやハブベアリングが考えられます。
ミッションを交換した所でもう1度診断された方が良いと思います。

ドライブシャフトともハブベアリングも問題無いって言われました。

他に考えるとしたらなんですか？

ミッションが中古であれば再びミッションの可能性もあります、リビルトでもCVTは金属音がする物もあります
駆動系じゃないとすれば、エンジンかもしれません
いずれにしても作業された工場で診断してもらうのが良いと思います。