ギアをDに入れるとカタンと音がなります。
このままで大丈夫でしょうか？

何処から音が鳴っているかにもよります、ミッション内部からなのか、ドライブシャフトやデフからなのか、ミッション内部から音が出ていれば恐らくミッションの交換が必要になるかと思います。音が出ている場所によってはこのままでも支障ないかと思いますので、整備工場で診断される事をお勧めします。