以前から下回り付近から1〜5速関係なく40キロ付近からアクセルを踏見続けると高音よりな音で「ウォーン」となっていてアクセルを離しても異音が鳴り、徐々に音が小さくなって停車時には消えます。走行時クラッチを切ってニュートラル状態になると一瞬「シャー」と音が鳴っておりました。停車時の異音はでておりません。

ディーラーにて点検してもらったところ、トランスミッションが怪しいとの事でトランスミッションのオーバーホール(ベアリング交換)ついでにクラッチのオーバーホールをお願いして先日戻ってきたのですが異音は消えてません。
ただ、修理から戻ってきた時はアクセルを踏んだ時のウォーンはなっているのですがアクセルを離してエンジンブレーキ状態での異音は消えてそこでクラッチを切ってニュートラル状態になってからの異音は消えておりません。

ディーラーにはプロペラシャフトかトランスファーと言われたのですが2つまとめて新品に交換するお金の余裕がありません。

なので一発でここが悪いと思われるところのオイルを硬めのオイルに交換して様子を見たいのですが異音の出てる場所がわからないのでどうしようもありません。
この異音の根本がどこからきてるのか教えてほしいです。

ニュートラルで異音という事はプロペラシャフトの線は薄いと思います。
プロペラシャフトはどちらかというと動力の入力時、アクセルONで負荷が掛かった時にジョイントのガタなどで音が出るケースが多いです、ただ安い方から潰していくのが
鉄則なので、最終的にはディーラーさんと話し合って結論出すしかありません。
どちらも高額な部品なので、プロペラシャフトに関しては中古、トランスファはリビルトや中古で相談されても良いと思います。
申し訳ありませんが、文面だけで特定は不可能ですので、実車を診断しているディーラーさんとご相談ください。