FD2シビックtypeRに乗ってます。

ここ最近になって、朝イチや仕事帰りなど長い時間車を停めた後にエンジンを掛けて1速で発進する際に、いつも通りクラッチを繋いでるはずなんですが、クラッチジャダーの様な感じで車がガタつきスムーズに発進する事が出来ない症状が出ています。

この症状が出るのは1速での発進時だけで、常に起こる訳では無く、ある程度走れば直るので、途中で信号待ちから発進する時などはスムーズに発進する事が出来ます。

長時間車を停めた後のエンジン始動後少しの間だけに症状が出るので、クラッチ自体が原因では無いような気がするのですが、何か考えられる原因はありますか？

文面を見るとクラッチではなく、エンジンが原因の様です。
冷間時の回転数を制御する機構に不具合が考えられます。（水温センサー、ISCバルブ、ECUなど）これらの不具合の場合、ある程度走って温まると症状は消えます。
専用のOBD（外部診断機）のある工場又はディーラーでの診断をお勧めします。