キノコ型のエアクリーナーに変えたところ4000回転以上吹けなくなったしまいました。原因はなんでしょうか？黄色のエンジン警告灯もつきましたがアース外して付け直したら消えました

キノコ型のエアクリーナーだと燃調が狂います。
黄色いチェックランプは恐らくエンジンチェックランプです。
エアクリーナーを交換したことにより、吸入空気が多すぎる為です。
ECUにはセーフ機能がありエンジンを保護する為に回転を抑えているのかと思います

元に戻すか、現車に合わせたECUのリセッティングが必要ですが、リセッティングは
純正のコンピューターでは不可能ですので、元に戻す事をおすすめします。