二列目シート交換なんですが、ベンチシートからキャプテンシートに変えたいのですがレールが問題です、レールをキャプテンシートレールがあれば足元マットを剥がしレール位置替えることは出来ますか、よろしくお願いします。

シートレールはあってもボディのレールの取付の位置が違うと思います、
もしかしたらボディ側にネジ穴が切ってあるかもしれないので、カーペットを剥がして確認できると思います
ネジ穴がない場合は鈑金を扱っている工場に相談すれば出来なくはないと思います