この間、ドラミラー本体とドラミラーについているランプが破損してしまい、ドラミラーをまるまる交換することになりました。そのときに自分で中古で同じ型番のミラーを購入して日産の工場に行ったのですが、中古のミラーがそもそも初期不良でドラミラーについているライトのみ交換してもらい、元のドラミラーを引き続き使用することになりました。
　このとき、修理工場さんにはドラミラーの交換を2回行っていることになるのですが、交換の際の手数料も2倍かかりますか？？

工場さんによっては部品を持ち込むだけで通常工賃より高くなってしまう場合もあります。どれくらい料金が変わるかは工場さんによって違うので事前に確認が必要です。中古ミラーを一度取り付けしてから壊れていたことが分かって、それからもう一度元のミラーに戻すというような作業になればドアミラー交換、ライトの組み換えの各2回分の工賃を請求される場合もあると思います。
これから作業する予定であれば中古のミラーが壊れていること、ライトのみ交換してほしいことを事前に修理工場さんにお伝えして工賃の交渉をしてみる方法もあると思います。もしくは部品の販売元に初期不良で交換出来ないかを確認してみてはいかがでしょうか？