原因不明の異音に悩まされてます。
エンジン始動後、ある程度距離を走行してから発生する異音です。
マニュアル車なのですが、1から5速の1500回転ほどで「ぐわんぐわん」という低音が後ろの方からします。

ニュートラルにしている時は1500回転でも異音は発生せず、1から5速で1500回転より回転数が低くても高くても発生しません。
また、走り始めのときも発生しません。
それ以外特に症状があるわけではないのですが、何か考えられる原因はありますでしょうか？
乗っているとかなり気になります・・・。

「ある程度走行しないと異音は発生しない」、「1速から5速で1500回転で異音発生」、「後の方からの異音」。難解な症状でお困りのことと思います。

「後の方からの異音」ということですと、回転に伴い発生する異音であれば4WDのプロペラシャフトやリヤのデファレンシャルギヤ、後輪のホイールベアリングといった部品からの異音の発生が考えられます。
ただ「1速から5速の1500回転で異音が発生」ということはエンジン回転と異音が連動しているようですので、エンジン（排気系含む）、クラッチ、トランスミッションのインプットシャフト側（エンジンからの回転と同期している側）から異音が発生している疑いがあります。
また、クルマの異音の場合、車体各部を伝わり運転者に伝わりますので実際には聞こえてきた方向とは違う場所から異音が発生している場合があります。

異音は実際に音の出どころを確認することが解決への糸口になります。安心してお乗りいただくためにも最寄りの修理工場やディーラーにまず異音を確認していただいた方がいいでしょう。
その際、実際に異音が発生している状態のときに最寄りの修理工場やディーラーの整備担当者に同乗してもらうなどし確認していただくことが大切です。
異音が出ていない状態では何か外的な不具合がなければ判断がつかないからです。その上で早急な修理が必要なものかどうかを含めご確認していただてみてはいかがでしょうか。

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