運転開始1時間後（街乗り）位から信号待ちなどからの再スタートで1速クラッチつなぐ時にノッキングがひどく車体全体がガクガク揺れるほど酷く出るようになりました。乗り始め1時間位までは症状は全く出ません。2速に入れると症状は収まります。1年程前にカラカラと異音がするのでディーラーで見てもらいフライホイール交換となり、異音は出なくなったのですが、その後から今回の症状が出るようになりました。ディーラーでフライホイールを再交換してもらいましたが、症状は直りませんでした。ディーラーでは原因は特定できないが、後はクラッチボックス丸ごと交換とのことで、費用もそれなりにかかるとのことでした。
現在、12万Km超えています。スパークプラグなどは、9万Km超えた時（約3年前）に交換しています。バッテリーなども交換済です。アイドリングなどは安定しており、今回の症状以外は問題ありません。
この症状を直したいと思っていますが、クラッチボックス交換が必須の症状でしょうか。ご助言、よろしくお願いします。

1速クラッチをつなぐ時のノッキング、クラッチのジャダー（異常振動）の症状は、レガシーでは多い症状のようです。やはり乗り始め1時間くらい経過するとこの振動する症状が現れるようです。
クラッチのジャダー（異常振動）は、クラッチディスクとフライホイールの摩擦面においてスムーズに力が作用しないときに振動を起こします。対策としてはフライホイールとクラッチディスク、クラッチカバーを新品交換することにより改善するようですが、また再発したという事例もあるようです。

レガシーではエンジン振動を減衰させたりクラッチミート時の衝撃を吸収させる構造のデュアルマスフライホイールが採用されております。このデュアルマスフライホイールはフライホイールをエンジン側とクラッチ側（トランスミッション側）に分け、スプリング＋ダンパーを介して一体化した物で、クラッチ断続時の振動を吸収する働きを持っています。交換しても再発例があることからこのデュアルマスフライホイールがレガシーで使用されているクラッチディスクなどとの相性があまり良くないのではないかと思われます。

ご質問の「クラッチボックス交換が必須の症状でしょうか。」とのことですが、この「クラッチボックス」とはクラッチディスクやクラッチカバーのことでしょうか？
フライホイールは新品にお取替えしているようですのでクラッチディスクとクラッチカバーを新品にお取替えすれば症状は改善するのではないかと思います。ただし上述した通り再発することもあるようですので製品特有の問題があるのかもしれません。
対策事例としてはスバル他車の旧来のシングルマスフライホイールに交換することによりこのジャダーを抑えることができるようです。ただし形状が変わってしまうためクラッチカバー等も他車のものとの交換が必要になります。また、シングルマスフライホイールはデュアルマスフライホイールに比べ軽量なためエンジンのレスポンス（吹け上がり）が鋭くなるなどフィーリングが変わってきてしまいます。
この点に妥協が許されるようでしたらシングルマスフライホイールへの交換がいいのかもしれません。あとはご予算のご都合もあるかと思いますので部品の互換情報や部品金額、工賃などの詳細はディーラーにご確認してみてください。