TRDの車高調をつけています。
TRDの車高は下げ量が少なく、あまり下がらないためバネを縮めて下げることにしました。
前輪左右同じ高さにしたのですが、段差などで左側だけ今までで体験したことのないような、バコ、ガタ、ボコのような音がします。
どうして左側だけなのかわかりません。
回答の方よろしくお願いします。

TRDの86用の車高調整式サスペンションは、全長調整式のサスペンションですよね。
全長調整式サスペンションはスプリングの長さを変えずに全長を調整できるサスペンションです。
「TRDの車高は下げ量が少なく、あまり下がらないためバネを縮めて下げることにしました。」ということですが、ショックの全長を縮めてもあまり下がらなかったため、ロアスプリングシートの位置を下げることで車高を調整したということでよろしいでしょうか。

こちらでも、どうして左側だけなのか実際に確認しなくては判断はできませんが、車高を下げ過ぎたためにスプリングが遊んでしまいスプリングの上下シートから外れていたり、ショックのストロークが短くなりすぎたために底付きを起こしている可能性もあるのではないでしょうか。
また、社外サスペンションなどでは異音の原因は様々なことが考えられ、「バコ、ガタ、ボコ」など通常ではあまり考えられないような音がしているようですので、取り付け部などに緩みがないかもご確認した方がいいかと思います。
取り付けの部分の確認は、サスペンションのアッパーマウントの取り付けナットやダンパーのアッパーマウント取り付けナット、スタビライザーリンクの取り付けナットやリンクの状態、ショックのロア取り付けボルト、スプリングのロアスプリングブラケットなどの緩みなどをご確認した方がいいでしょう。

サスペンションは安全上、重要な部品です。ご自身での確認が難しいようであれば、安全のためにもサスペンションを取り付けたショップやお近くの修理工場に一度、点検していただいた方がいいでしょう。
尚、ご承知かもしれませんが、保安基準では9cm以上の最低地上高が義務づけられております。車高を下げる場合は必ずこの最低地上高の9cm以上は確保できるよう調整してください。