現在スイフトスポーツ ZC31S（MT 平成21年式 走行約10万キロ）に乗っているのですが、アイドリングと1速の時、ヒューン？ウィーン？といういつもは聞こえないモーターの様な音が鳴ります。回転数を上げると大きく鳴ります。2.3.4.5.Rの時は鳴りません。

クラッチをきると音がなりやみます。

車で音だけでは判断は難しいと思いますが、考えられる原因は何でしょうか？

アイドリング時と1速の時に異音がするとのことですのが、このアイドリング時の異音というのは、シフトの位置がニュートラル（N）の位置にあるときということでよろしいですよね。
この状態で異音が発生しているとすると、トランスミション内にある1速ギヤにギヤの歯欠けなどの不具合が発生している可能性があります。

エンジンで発生された動力は、エンジンのクランクシャフトからクラッチに伝わりトランスミッションに伝わります。
クラッチを切る（エンジンからの動力を遮断する）と異音は発生しないということですので異音が発生しているのはトランスミッション側ということになります。
トランスミッション内ではニュートラルの時でもそれぞれのギヤは常時かみ合っているため回転しています。ただ、シフトはNですので空転している状態で回転しています。
シフトを入れることによりそれぞれのギヤがトランスミッション内のメインシャフト（アウトプットシャフト）に接続され、駆動力がタイヤへと伝わります。（正確にはデファレンシャルギヤからドライブシャフトに伝わりタイヤが回転します。）
このことからニュートラルでのアイドリング時と1速の時だけ異音が発生している状態から1速のギヤの不具合が考えられるということです。

修理にはこのトランスミッションをエンジンから降ろして分解し内部の状態を点検・確認しながら1速ギヤ等の必要な部品の交換を行います。状態によりベアリングやシンクロなどの部品の交換も行います。
状態がよく安価なリサイクル（中古）部品が見つかれば分解・修理するよりも安く修理ができる場合もあります。
修理につきましては最寄りのディーラーやお近くの修理工場にご相談してみてください。

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