スピードメーター動かなくなってしまい、またたまにEPSランプも点灯します。回転系の配線か車速センサ系からの配線なのか。
どちらかの配線の色などわかる方いましたら教えて欲しいです。また他の原因もありそうなら教えて欲しいです、

車速信号の信号線は水色です。後付けのナビをつけるときにもこの水色の信号線より車速信号をとります。後付けのナビがついているようでしたら、このナビの信号線をとっている部分の配線に断線などないかご確認してみてください。

不具合が考えられる個所はスピードメーター本体やメーター内部基盤の不具合、車速センサーの不具合、車速信号配線の断線やカプラの接触不良など考えられます。

EPS（電動パワーステアリングシステム）は、ご存知かと思いますが、モーターにより電動でステアリングをアシストする装置です。車速によりモーターのアシストする力を変化させる機構もついておりますので、EPS警告灯が点灯したのはこの車速を検知するセンサーの不具合によるものかもしれません。
走行中にこのEPS警告灯が点灯するとパワステが突然効かなくなってしまいます。安全のためにも最寄りの修理工場やホンダ・ディーラーなどで診断機を使用し確認していただいた方がいいかと思います。